2割特例の終了後の選び方 — 3割特例・簡易課税・一般課税と、届出期限の特例（決算月別）

インボイス制度に合わせて設けられた消費税の2割特例は、2026年9月30日を含む課税期間までの措置です。9月決算の法人はすでに最後の課税期間を終え、2026年10月1日から始まった課税期間を一般課税か簡易課税で申告することになります。12月決算・3月決算の法人や個人事業者は、いま進行中の課税期間が2割特例を使える最後の課税期間です。この記事は、2026年11月1日時点の法令と国税庁の資料で、2割特例の後に何を選ぶか、届出をいつまでに出すかを、決算月ごとの期限と計算例で整理したものです。2割特例・3割特例の計算そのものと4つの方式の比較の基本は 消費税の計算方法（2割特例と3割特例）で説明しています。

2割特例はいつまで使えるか：決算月ごとの最後の課税期間

2割特例（平成28年改正法附則51条の2）は、インボイス発行事業者の登録をきっかけに免税事業者から課税事業者になった事業者が、売上税額の80%を仕入税額とみなして申告できる経過措置です。国税庁は対象期間を次のように説明しています。

２割特例を適用できる期間は、令和５年10月１日から令和８年９月30日までの日の属する各課税期間となります。— 国税庁「２割特例（インボイス発行事業者となる小規模事業者に対する負担軽減措置）の概要」

「日の属する課税期間」なので、2026年9月30日を含む課税期間までが対象です。事業年度が1年の法人では、最後の課税期間は決算月で次のように変わります。

法人の申告期限は課税期間の末日の翌日から2か月以内です。12月決算の法人は2027年2月28日が日曜日のため3月1日、10月決算の法人は12月31日〜1月3日が休日扱いで、2日・3日も土日のため1月4日になります（国税通則法10条2項・同法施行令2条2項）。消費税の申告期限の延長特例を受けている法人は1か月後になります。期限が土日・祝日に当たる場合の扱いは 申告・納付期限の一覧（土日・祝日の場合）にまとめています。

2割特例は課税期間ごとに使うかどうかを選べ、前の期に使ったから今期も使わなければならない、という制限はありません。簡易課税制度選択届出書を出している事業者も、申告のときに2割特例を選べます（国税庁「２割特例の概要」(3)・(4)）。一方で、次の課税期間は2割特例の対象になりません（国税庁インボイスQ&A 問115の主なもの）。

• 基準期間（個人は前々年、法人は原則として前々事業年度）の課税売上高が1,000万円を超える課税期間
• 特定期間の課税売上高と給与等の支払額がどちらも1,000万円を超える課税期間、資本金1,000万円以上の新設法人など、登録と関係なく課税事業者になる課税期間（判定のしかたは消費税の納税義務の判定）
• 課税事業者を選択した後2年以内に一般課税で調整対象固定資産（税抜100万円以上）を取得した場合や、高額特定資産（税抜1,000万円以上）を取得した場合に、免税事業者に戻れない課税期間
• 課税期間を1か月・3か月に短縮している課税期間

3割特例の要件と計算（個人事業者の令和9年分・令和10年分）

令和8年度税制改正で、2割特例の後の激変緩和として3割特例（平成28年改正法附則51条の3）が設けられました。国税庁の令和8年度税制改正特集は、次のように説明しています。

インボイス発行事業者の登録を受けたことにより免税事業者から課税事業者となった個人事業者に係る令和９年分・令和10年分の消費税の確定申告において納付税額を売上税額の３割とすることができる特例です。— 国税庁「インボイス制度 令和８年度税制改正特集」

国税庁が示す主な要件は、個人事業者であること、基準期間の課税売上高が1,000万円以下であること、インボイス発行事業者の登録を受けていることの3つです。計算は2割特例と同じ形で、控除する割合が70%になります。改正法の条文では、売上の消費税額から売上対価の返還等の消費税額を引いた残額の「百分の七十」が特別控除税額です。2割特例と同じく、事前の届出も継続適用の制限もなく、確定申告書に適用を受ける旨を書けば使えます（インボイスQ&A 問114-2）。

3割特例を使えないのは、法人のほか、基準期間（令和9年分なら令和7年、令和10年分なら令和8年）の課税売上高が1,000万円を超える年、特定期間の基準で課税事業者になる年、課税期間を短縮している年、課税事業者の選択後2年以内に一般課税で調整対象固定資産を取得した場合や高額特定資産を取得した場合で免税事業者に戻れない年などです（インボイスQ&A 問115-2）。ほかに、恒久的施設のない国外事業者、相続による納税義務の特例で課税事業者になる年、金・白金の地金等の仕入れ（税抜200万円以上）で免税事業者に戻れない年も使えません。2割特例と違い、法人に関する除外（新設法人など）は対象が個人だけなので出てきません。令和10年4月1日以降は、計算の対象から特定少額資産の譲渡の対価が除かれることになっています（同 問114-2【参考】）。

簡易課税制度選択届出書の提出期限の特例（令和8年改正）

簡易課税は、原則として適用を受けたい課税期間の初日の前日までに簡易課税制度選択届出書を出さないと使えません（消費税法37条1項、タックスアンサー No.6505）。ただし、2割特例・3割特例を適用した課税期間の翌課税期間については特例があり、令和8年度改正で期限が延びました。改正後の附則51条の2第6項は次のとおりです（3割特例も51条の3第5項に同じ規定があります）。

第一項の規定の適用を受けた適格請求書発行事業者が、消費税法第三十七条第一項の規定による届出書を当該適用を受けた課税期間の翌課税期間（以下この項において「特例対象課税期間」という。）に係る同法第四十五条第一項の規定による申告書の提出期限までにその納税地を所轄する税務署長に提出した場合において、当該届出書に当該特例対象課税期間について同法第三十七条第一項の規定の適用を受ける旨を記載したときは、当該届出書を当該特例対象課税期間の初日の前日に当該税務署長に提出したものとみなして、同項の規定を適用する。— 平成28年改正法附則51条の2第6項（令和8年改正後。財務省「所得税法等の一部を改正する法律案 新旧対照表」第十四条）

国税庁の【2割特例用】確定申告の手引き（令和7年11月作成）は改正前の作成で「適用を受けようとする課税期間の末日」と書いています。改正後の期限は、令和8年度税制改正特集、インボイスQ&A 問117、タックスアンサー No.6505 に載っています。

この特例は、前の課税期間に2割特例・3割特例を実際に適用した場合だけのものです。条文は「第一項の規定の適用を受けた適格請求書発行事業者」としているので、2割特例を使えたのに一般課税や簡易課税で申告した課税期間の翌課税期間には使えません。また個人事業者が令和9年分に3割特例を使わずに一般課税で申告すると、令和10年分を簡易課税にするには、原則どおり令和9年12月31日までに届出書を出すことになります。

2割特例の後の選び方：一般課税・簡易課税・3割特例を計算で比べる

2割特例は「みなし仕入率80%の簡易課税」、3割特例は「みなし仕入率70%の簡易課税」と同じ税額になります。簡易課税のみなし仕入率は、第1種（卸売業）90%、第2種（小売業など）80%、第3種（製造業・建設業など）70%、第4種（飲食店業など）60%、第5種（サービス業など）50%、第6種（不動産業）40%です（タックスアンサー No.6509）。比べる順番は次のとおりです。

1. 使える方式を絞る: 法人か個人か、基準期間の課税売上高（3割特例は1,000万円以下、簡易課税は5,000万円以下）、届出の期限に間に合うか
2. 同じ売上・仕入で、使える方式の納付税額を並べる
3. 簡易課税を選ぶ場合は、2年目の見込み（大きな設備投資で一般課税なら還付になる年がないか）も確かめる

第3種（建設業・製造業など）は3割特例と簡易課税が同じ税額です。3割特例なら届出も2年の継続もいらないので、令和9・10年分は3割特例を使い、令和11年分から簡易課税にする選び方ができます。実際の数字での比較は 一般課税・簡易課税・2割特例・3割特例の比較ツールで、申告書どおりの端数処理で計算できます。

一般課税・簡易課税に移るときの準備

一般課税にするなら、課税期間の初日からインボイスを保存する

2割特例・3割特例は売上税額だけで計算でき、消費税の計算のためにインボイスを保存する必要はありません。一般課税では、仕入税額控除に帳簿とインボイスなどの保存が要ります（タックスアンサー No.6496）。2割特例の後に一般課税になる可能性がある事業者は、翌課税期間の初日（9月決算の法人なら2026年10月1日）から、受け取ったインボイスの保存と、仕入の税区分（インボイスあり・経過措置の70%控除・少額特例など）を分けた記帳が必要です。届出は申告期限まで待てても、帳簿は期首から一般課税の仕入税額控除の要件を満たす形で付けておく方が安全です。免税事業者などからの仕入は、帳簿に経過措置の適用を受ける旨（「70%控除対象」など）を書くことも要件です。また、2026年10月1日以後に開始する課税期間からは、一の免税事業者等からの課税仕入れが年1億円（税込）を超えると、超えた部分には経過措置を使えません（インボイスの経過措置）。経過措置の仕訳は インボイス経過措置70%の仕訳例、仕入税額の計算方法は 積上げ計算と割戻し計算の違いを参照してください。

簡易課税は原則2年間続き、還付も受けられない

簡易課税を選ぶと、事業を廃止した場合を除き、届出の効力が生じた課税期間の初日から2年を経過する日を含む課税期間の初日以後でなければ、簡易課税制度選択不適用届出書を出せません（タックスアンサー No.6505）。届出期限の特例で後から届出書を出した場合も、簡易課税の適用はその課税期間からなので、2年の継続も同じです。大きな設備投資があり一般課税なら還付になる年でも、簡易課税・3割特例では通常、還付はありません（インボイスQ&A 問117-3）。また、基準期間の課税売上高が5,000万円を超える課税期間は簡易課税を使えません。なお、飲食料品の税率引下げ期間（2027年4月1日〜2029年3月31日）について、簡易課税制度選択不適用届出書の提出時期の特例が設けられる旨が No.6505 に注記されています（2026年11月1日時点）。該当する事業者は国税庁の消費税率引下げ特設サイトで確かめてください。

2割特例の期間中に簡易課税制度選択届出書を出していた事業者は、不適用届出書を出していなければ、2割特例が終わると届出書の効力によりそのまま簡易課税になります（基準期間の課税売上高が5,000万円以下の場合）。2割特例を選んだ課税期間も、届出の効力が生じた課税期間として2年の数え始めに入ります。一般課税にしたい場合は、不適用届出書の提出時期を確かめます。

中間申告が始まることがある

中間申告の要否は、直前の課税期間の確定消費税額（国税）で決まり、48万円を超えると年1回、400万円を超えると年3回です（タックスアンサー No.6609）。2割特例の期間は税額が小さく中間申告がなかった事業者も、簡易課税・一般課税に移って税額が増えると、その翌課税期間から中間申告が始まります。

免税事業者に戻るという選択と、2年の制限

基準期間の課税売上高が1,000万円以下で、取引先からインボイスを求められない事業者は、インボイス発行事業者の登録を取りやめて免税事業者に戻る方法もあります。登録取消届出書は、翌課税期間の初日から起算して15日前の日までに出すと翌課税期間の初日から登録の効力がなくなり、過ぎると翌々課税期間からになります（国税庁 手続案内 D1-70、インボイスQ&A 問13）。15日前の日が休日でも、期限は翌日に延びません。

ただし、登録に係る経過措置で課税期間の途中から登録した事業者には、次の制限があります。

登録に係る経過措置の適用を受ける場合（登録日の属する課税期間が令和5年10月１日を含む場合を除きます。）、登録日の属する課税期間の翌課税期間から登録日以後２年を経過する日の属する課税期間までの各課税期間については、適格請求書発行事業者の登録を取りやめたとしても、基準期間の課税売上高にかかわらず免税事業者となることはできません（28年改正法附則44⑤）。— 国税庁 インボイスQ&A 問13-2

課税事業者選択届出書を出して課税事業者になっている場合は、課税事業者選択不適用届出書も必要です（問13（参考））。免税事業者に戻ると、取引先は仕入税額の70%（2028年10月1日からは50%）しか控除できなくなるので、取引条件への影響を先に確かめておきます。

実務で間違えやすい点

1. 法人が令和9年以後も特例で申告する: 3割特例は個人事業者だけです。9月決算の法人は2026年10月1日からの課税期間、3月決算の法人は2027年4月1日からの課税期間に特例はありません
2. 届出期限を「翌課税期間中」のまま覚えている: 翌課税期間が2026年10月1日以後に終わるなら申告期限までです。逆に、翌課税期間が2026年9月30日以前に終わった場合は末日までで、休日でも延びません
3. 2割特例を使わなかった期の翌期に届出期限の特例を使う: 特例は2割特例・3割特例を適用した課税期間の翌課税期間だけです。前期を一般課税・簡易課税で申告していれば、原則どおり期首の前日までの届出が必要です
4. 基準期間の売上を確かめない: 3割特例は基準期間の課税売上高1,000万円以下、簡易課税は5,000万円以下です。令和9年分の3割特例なら令和7年の課税売上高を見ます
5. 簡易課税を選んだ翌年に設備投資をする: 簡易課税は原則2年間続き、還付は受けられません。投資の予定がある年は一般課税と比べてから届出書を出します
6. 2割特例の後にインボイスを保存していない: 一般課税になると、インボイスのない仕入は経過措置の70%しか控除できず、保存がなければ控除できません。期首から保存しておきます
7. 中間申告の予定を立てない: 簡易課税・一般課税で国税が48万円を超えると、翌課税期間から中間納付があります

どの方式で申告するか、免税事業者に戻るかは、取引先との関係や数年分の見込みも含めて税理士・経理担当者が判断する事項です。

飲食料品の消費税率を2027年4月1日から2年間引き下げることに伴い、簡易課税制度の計算方法の特例と、簡易課税制度選択不適用届出書の提出時期の特例が設けられる旨が、タックスアンサー No.6505・No.6509 に注記されています（2026年11月1日時点）。この記事の計算例は10%の売上だけで計算しています。

次に読む記事は、一般課税・簡易課税・2割特例・3割特例の比較と選び方と、一般課税の仕入税額の計算に関わる インボイス制度の実務（記載事項・少額特例・経過措置）です。

この記事の計算ができる無料ツール

よくある質問

出典

• 国税庁 インボイス制度 令和8年度税制改正特集（3割特例・簡易課税への移行措置）
• 国税庁 リーフレット「個人事業者の令和9年分・令和10年分の消費税申告は3割特例」（令和8年5月改訂）
• 国税庁 ２割特例（インボイス発行事業者となる小規模事業者に対する負担軽減措置）の概要
• 国税庁 消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A（令和8年5月改訂）問114〜問117-3
• 国税庁 同Q&A（一括）問7・問13・問13-2（登録の取りやめ）
• 財務省 所得税法等の一部を改正する法律案 新旧対照表 第十四条（平成28年法律第15号附則51条の2・51条の3）
• 財務省 所得税法等の一部を改正する法律案（施行日・附則90条の経過措置）
• 国税庁 【2割特例用】消費税及び地方消費税の確定申告の手引き（令和7年11月）
• 国税庁 タックスアンサー No.6505 簡易課税制度
• 国税庁 タックスアンサー No.6509 簡易課税制度の事業区分
• 国税庁 タックスアンサー No.6609 中間申告の方法
• 国税庁 タックスアンサー No.6496 仕入税額控除をするための帳簿及び請求書等の保存
• 国税庁 D1-70 適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める場合の手続

更新履歴

• 2026/11/01: 公開
• 2026/11/04: 関連記事へのリンクを追加

この記事は公表された法令・通達・国税庁などの資料にもとづく一般的な解説で、個別の税務相談に代わるものではありません。制度・料率は改定されることがあります。実際の申告・納付・給与計算では最新の資料をご確認のうえ、専門家にご相談ください。